I Central Park Zoo lever løven Alex, sebraen Marty, flodhesten Gloria og giraffen Melman et behagelig liv – helt til Marty får en vill idé: å oppleve friheten utenfor dyrehagen!
Når han rømmer ut i New Yorks gater, setter han i gang et kaotisk og uforglemmelig eventyr som tar hele gjengen – og noen svært bestemte pingviner – langt bort fra alt de kjenner.

Snart våkner de på en tropisk strand … på Madagaskar!
Der møter de kong Julien og hans danseglade lemurer, men paradiset viser seg å ha sine egne farer.

Vennskap settes på prøve, instinkter vekkes, og sammen må de finne ut hva det egentlig betyr å være fri.